Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Bölümü, 1982 yılında 2547 sayılı yasa ile Fen Bilimleri Eğitimi Bölümü olarak kurulmuştur. 1998 yılında eğitim fakültelerinin yeniden yapılandırılması çerçevesinde Ortaöğretim Fen ve Matematik Alanları Eğitimi Bölümü olarak adı değişmiştir. Biyoloji, Fizik, Kimya ve Matematik Öğretmenliği olmak üzere dört ana bilim dalı ile 1998 eğitim-öğretim yılından itibaren "5 yıllık lisansla birleştirilmiş Tezsiz Yüksek Lisans Programı" şeklinde eğitim-öğretim sürecini sürdürmüştür. 2014-2015 eğitim-öğretim yılından itibaren ise bu programlar 4 yıllık lisans programları olarak uyarlanmıştır. 2016-2017 eğitim-öğretim yılından itibaren bölümün adı, Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Bölümü olarak değiştirilmiştir. Bu son düzenleme ile Biyoloji, Fizik, Kimya ve Matematik Öğretmenliği programlarına ek olarak, daha önce İlköğretim Bölümü bünyesinde yer alan Fen Bilgisi Öğretmenliği ve İlköğretim Matematik Öğretmenliği programları da bölümümüz bünyesine eklenmiştir.