1982 yılında Eğitim Fakültelerinin kurulması ile birlikte Biyoloji Eğitimi Anabilim Dalı olarak Karadeniz Teknik Üniversitesi Fatih Eğitim Fakültesi Fen Bilimleri Eğitimi Bölümü bünyesinde yer aldı. 1998 yılına kadar biyoloji öğretmeni yetiştirmek amacıyla dört yıllık lisans programı yürüttü. 1998 yılındaki eğitim fakültelerinin yeniden yapılandırılması projesi sonucunda yürürlüğe giren uygulama ile birlikte biyoloji öğretmeni yetiştirmek amacıyla beş yıllık lisans eğitimi vermeye başladı. Ancak 2014 yılında 4 yıllık lisans eğitiminin verilmesi yönünde bir kararın alınmasıyla birlikte biyoloji öğretmeni yetiştirmek amacıyla tekrar dört yıllık lisans programı yürütülmeye başlandı. Ayrıca Yükseköğretim Kurulu Başkanlığının 17.06.2016 tarihli 36826 sayılı yazısında belirtilen karara göre Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Bölümü bünyesinde yer almaya başlamıştır. 18 Mayıs 2018 yılında 7141 sayılı kanunla Karadeniz Teknik Üniversitesine bağlı bazı akademik birimlerin bağlanması ve yeni akademik birimlerin açılması ile kurulan Trabzon Üniversitesi'ne aktarıldı. Biyoloji Öğretmenliği öğretim programında başlıca alan eğitimi, öğretmenlik meslek bilgisi ve genel kültür olmak üzere üç grupta farklı dersler yer almaktadır. Bu dersler başta Biyoloji Eğitimi Anabilim dalı öğretim elemanları olmak üzere, ihtiyaç olduğunda hem Üniversite içi hem de Üniversite dışı yükseköğretim kurumlarından gelen öğretim elemanları aracılığıyla yürütülmektedir.